In den Jahren 1553 -1563 erbaute Kaiser Ferdinand, der Enkel von Kaiser Maximilian, die Hl.Kreuz- oder Hofkirche, der ein Franziskanerkloster angeschlossen wurde, um dort das Denkmal Maximilians aufzustellen.

Kaiser Maximilian hatte im Jahre 1502 damit begonnen - er hatte den Münchner Gilg Sesselschreiber zum Hofmaler ernannt und mit den Entwürfen der großen Ahnenfiguren beauftragt.

Als Maximilian 1519 auf einer Reise nach Wien starb, waren von den 28 Figuren, die heute sein Grabmal umstehen, erst elf fertig. Die Arbeiten wurden nach Maximilians Tod unter der Leitung von Stefan Godl weitergeführt. Die letzte Figur des Frankenkönig Clodwig wurde erst 1550 in der Werkstätte des Innsbrucker Glockengießers Gregor Löffler gegossen.

Das Grab blieb leer, Maximilian ruht unter dem Altar der Burgkapelle in der Wiener Neustädter Burg.

Die Stuckarbeiten der Kirche stammen zum größten Teil aus dem Ende des 17.Jahrhunderts. Die ursprünglichen Rippen aus Mittenwalder Sandstein sind nur an den Emporen erhalten. Der Hochaltar enstand nach dem Entwurf des Wiener Hofarchitekten Nicolaus Pacassi in den Jahren 1755 - 1758. Die Renaissanceorgel an der rechten Chorwand von Jörg Ebert aus Ravensburg entstand 1555 - 1561. Die Orgelflügel malte der Mailänder Domenico Pozzo in den Jahren 1560.

Im Gegensatz zum leeren Kenotaph Kaiser Maximilians I. steht das Grabmal für den 1810 in Mantua erschossenen Tiroler Freiheitshelden Andreas Hofer, der in den Napoleonischen Kriegen europaweite Beachtung fand. Seine Gebeine wurden in einer Nacht- und Nebelaktion durch den Freiburger Leutnant Georg Hauger nach Innsbruck gebracht und 1823 in der Kirche beigesetzt. Auf der Tumba steht die Figur Andreas Hofers in Landestracht mit seiner Ordenskette von Johann Schaller, so wie sie Kaiser Franz gewünscht hatte. Das Relief an der Frontseite des Sarkophages zeigt die figurenreiche Szene des Fahnenschwurs von Josef Klieber.

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Die an die Hofkirche anschließende Silberne Kapelle über dem ehem. Stadtgraben (heute Durchfahrt) ließ Erzherzog Ferdinand als Grabkapelle 1578 erbauen und 1587 erweitern.

Durch die Silberne Kapelle und einen nördlich vorgelagerten Gang ist die Hofkirche mit der kaiserlichen Hofburg (ehemaliger Wappenturm) verbunden. Dieses Ensemble von Hofbauten vor der Kulisse der Nordkette reicht - in seinen Anfängen bereits in gotischer Zeit - über die alte Stadtmauer hinaus und dokumentiert die Bedeutung von Innsbruck als kaiserliche Residenzstadt.